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在演化的基本觀點(diǎn)下，認(rèn)為生物界演化是時(shí)間和空間綜合作用下所形成的結(jié)果，也就是在生物隨著延續(xù)的時(shí)間中繁衍而發(fā)生改變，加上水平面空間上的漸漸分離或隔離，會(huì)形成分離越久或距離起源中心愈遠(yuǎn)，而形成愈不相同的種類(lèi)或族群，因此植物學(xué)者在仔細(xì)審視種類(lèi)的分布與個(gè)體族群間的差異後，依據(jù)起源中心具有較高變異，而孤立族群變異較低的原則，輔以其他如地質(zhì)歷史(化石與紀(jì)錄)證據(jù)來(lái)推敲生物演化分布的痕跡。植物地理學(xué)因?yàn)檠芯繉?duì)象尺度的不同，可被分為區(qū)系植物地理學(xué)、科屬植物地理學(xué)和歷史植物地理學(xué)等。雖在研究?jī)?nèi)容上所著重的重點(diǎn)及研究方法不同，但是都以揭示植物在地球上分布規(guī)律以及其起源和演變?yōu)槟繕?biāo)。
區(qū)系植物地理學(xué)以研究大尺度的植物區(qū)系演變過(guò)程，區(qū)系的形成演變與古地質(zhì)有相當(dāng)?shù)年P(guān)系，一般認(rèn)為古熱帶域分布在舊世界熱帶、熱帶亞洲、非洲，大都源起於剛瓦納古陸(-漂移前的南方-)，而泛北極域?qū)凫秳趤喒抨?北方-)，另外，地中海、西亞一帶起源於古地中海(特提斯海)。植物區(qū)系是將相像的科屬歸類(lèi)，并比較特有科屬的比例劃分范圍，也就是泛北極域的主要植物類(lèi)群如松科、殼斗科、楊柳科等與古熱帶域的類(lèi)群，棕櫚科、番荔枝科、天南星科大不相同。除了在地質(zhì)上有不同起源，在氣候條件上各區(qū)系也分屬不同氣候；以整個(gè)東亞來(lái)說(shuō)，Tak-tajan認(rèn)為它屬於泛北極域，為溫帶氣候區(qū)，也使得溫帶植物如松科、殼斗科、楊柳科等等可以在此充分演進(jìn)，發(fā)展出許多種類(lèi)。-位於泛北極域與古熱帶之間，一般認(rèn)為-物種得來(lái)源有兩大路徑，在冰河時(shí)期與歐亞-相接得到熱帶亞洲的物種於南部，又於北部接收北方種類(lèi)，因?yàn)楹{的出現(xiàn)造成隔離演變出一些特有種，卻又與歐亞-有著高度相似。
科屬植物地理學(xué)以研究植物科屬這個(gè)層級(jí)的演變過(guò)程，同樣的也與古地質(zhì)有關(guān)，如木蘭科植物被認(rèn)為是古老的植物之一，全世界約有15屬246種，主要分布於北半球-帶及溫帶地區(qū)，大部分的種類(lèi)分布在東南亞與北美東南部，少數(shù)種類(lèi)分布至南半球的巴西和新幾內(nèi)亞。該科中間斷分布於東亞與北美的有木蘭屬(Magnolia)、蓋裂木屬(Talau-)、鵝掌楸屬(Liriodendron)，每一屬都分為兩群在兩個(gè)-上斷續(xù)分布種類(lèi)但并沒(méi)有共同種類(lèi)，植物學(xué)者認(rèn)為這是因?yàn)樵诠疟?解體後，木蘭屬一分為二，各自在當(dāng)?shù)亻_(kāi)枝散葉演變出許多種類(lèi)。以胡桃科中的黃杞復(fù)合群來(lái)看，分布於東亞到東南亞約十種(-一種)，中美洲8種，中美到南美洲1種，分布的格局看來(lái)像是由一個(gè)中心向外分散，彼此間有共同種或相似化石種出現(xiàn)。在科屬在水平面分布現(xiàn)況，可能為地理分離或是起源擴(kuò)散共同造成，經(jīng)過(guò)復(fù)雜的演變過(guò)程其實(shí)并不容易追本溯源。
所幸近年來(lái)分子標(biāo)記技術(shù)進(jìn)步，科學(xué)家進(jìn)而建構(gòu)了一套演算法，其概念在於相似同源的物種有著相似的遺傳訊息，追尋生物基因的變化，可以得到更多的資訊，有助於我們厘清由外表看不出來(lái)遺傳差異，也可以經(jīng)由相近於研究物種之外群來(lái)告訴我們?cè)谖锓N種化作用下，所產(chǎn)生的特徵的演進(jìn)過(guò)程，輔以環(huán)境及生物因子，建構(gòu)出物種在自然歷史上的演進(jìn)過(guò)程，讓我們更了解在什麼樣原因驅(qū)使生物作出什麼樣改變。-目前也進(jìn)行這樣的研究，如成功大學(xué)的蔣鎮(zhèn)宇老師，-大學(xué)林贊標(biāo)老師、胡哲明老師，中研院趙淑妙老師等等，使用不同分子工具分別專(zhuān)注不同分類(lèi)群。
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